單細胞轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)：單細胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基，而倒數(shù)第1個為簡并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處，而不會結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個酶有個特點，就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時侯，會在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個C堿基來。轉(zhuǎn)錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科。四川外泌體轉(zhuǎn)錄組學方法
轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學的表達數(shù)據(jù)對生物樣本進行研究，可以從整體上解釋生物學問題，探究生物體生理和疾病機理等。轉(zhuǎn)錄組學應用于胃腸瘤發(fā)生機制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。湖北高通量轉(zhuǎn)錄組學質(zhì)譜分析轉(zhuǎn)錄組學分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達水平的同時，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本。
單細胞轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)：10×genomics技術(shù)：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個堿基的長度。一共有400萬種Barcode，一個微珠是對應于一種Barcode，通過這400萬種Barcode，可以把凝膠微珠給區(qū)分開（通過barcode可以把cell分開）。UMI是一段隨機序列，也就是說每一個DNA分子，都有自己的UMI序列（一個微珠上有很多種UMI，通過UMI可以把RNA分子分開，并可以標記RNA分子的數(shù)量）。10個堿基長的UMI，有100萬種序列的變化（4^10=1,048,576），UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復還是duplication及區(qū)分是真實的SNP位點還是PCR產(chǎn)生的突變。通過10×genomics儀器將單個細胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起，形成油包水的小微滴。
什么是轉(zhuǎn)錄組學測序？轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。無參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別？如果所研究的物種有組裝注釋質(zhì)量較好基因組序列，且和該基因組序列比對效率較高，那么可以采用有參轉(zhuǎn)錄組的分析策略，直接進行分析。反之，則需要按照無參轉(zhuǎn)錄組的分析策略進行轉(zhuǎn)錄本組裝，構(gòu)建unigene庫，然后進行后續(xù)分析。轉(zhuǎn)錄學組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復雜性的強大工具。
轉(zhuǎn)錄組學測序類型：1.根據(jù)RNA種類：可以分為mRNA測序，SmallRNA測序，LncRNA測序、CircRNA測序、全轉(zhuǎn)錄組測序等。2.根據(jù)物種特點：比如真核生物或者原核生物，是否有參考基因組，測序平臺的不同，分為真核有參和無參轉(zhuǎn)錄組測序，原核轉(zhuǎn)錄組測序，全長轉(zhuǎn)錄組測序等。3.根據(jù)相互關(guān)系：分為互作轉(zhuǎn)錄組，比較轉(zhuǎn)錄組等等；此外，基因組甲基化會影響到基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控，也屬于轉(zhuǎn)錄調(diào)控測序范疇；還有用于研究轉(zhuǎn)錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq，研究RNA與蛋白互作關(guān)系的RIP-Seq，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。普通轉(zhuǎn)錄組學測序適用于哪些情況？江蘇單細胞轉(zhuǎn)錄組學分析
轉(zhuǎn)錄組學狹義上指所有mRNA的組合。四川外泌體轉(zhuǎn)錄組學方法
轉(zhuǎn)錄組學研究的方法：在早期，由于測序價格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉(zhuǎn)錄組學研究者只能進行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達研究。近十幾年，分子生物學技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學的研究奠定了基礎。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達序列標簽技術(shù)、基因表達系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測序技術(shù)、RNA測序技術(shù)其中，Microarray和EST技術(shù)是較早發(fā)展起來的先驅(qū)技術(shù)，SAGE、MPSS和RNA-sea是高通量測序條件下的轉(zhuǎn)錄組學研究方法轉(zhuǎn)錄組學研究有助于了解特定生命過程中相關(guān)基因的整體表達情況，進而從轉(zhuǎn)錄水平初步揭示該生命過程的代謝網(wǎng)絡及其調(diào)控機理。四川外泌體轉(zhuǎn)錄組學方法
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