單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質(zhì)性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞，尤其是當(dāng)我們對整個組織進行測序時，它們本身就是由不同類型的細胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異，展示的是整個組織的平均的狀態(tài)，所以說單細胞從這個來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個細胞測，不是用一堆細胞測。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素？杭州全轉(zhuǎn)錄學(xué)組定量分析
普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序必須做生物學(xué)重復(fù)么？需要幾個重復(fù)？生物學(xué)重復(fù)是生物實驗所必須的，轉(zhuǎn)錄組測序也不例外，至少3次生物學(xué)重復(fù)。準備生物重復(fù)樣品時，通過對實驗的預(yù)先設(shè)計和控制，盡可能將與實驗處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平，減少批次效應(yīng)對結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測序只能測到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測序通過構(gòu)建兩個測序文庫（一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫）是可以測到以上4種RNA的。杭州SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。
宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué)，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機理。其適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題，能有效的擴展微生物資源的利用空間。應(yīng)用領(lǐng)域：包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對不同的差異組合進行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象；根據(jù)前人的文獻報道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。
單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：Anydeplete技術(shù)首先通過隨機引物進行一鏈合成，一鏈合成引入核苷酸類似物，用于酶切打斷，二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭，接頭一條鏈也帶有核苷酸類似物，用于酶切降解。當(dāng)形成單鏈文庫后，設(shè)計特異性引物與rRNA形成文庫結(jié)合，一輪退火延伸，rRNA文庫形成雙鏈結(jié)構(gòu)。Reverseadaptor上帶有特異的酶切位點，當(dāng)形成雙鏈結(jié)構(gòu)酶切位點被識別，切去接頭，這樣rRNA形成的文庫不帶有完整的接頭，而其他文庫帶有完整接頭，通過PCR擴增富積既能得到想要的信息，包含mRNA及LncRNA信息。同樣Anydeplete技術(shù)與10×genomics技術(shù)一樣，包含分子標(biāo)簽，可分析duplication及PCR產(chǎn)生突變位點。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域。杭州全轉(zhuǎn)錄學(xué)組定量分析
轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。杭州全轉(zhuǎn)錄學(xué)組定量分析
轉(zhuǎn)錄組是干什么用的，和表達譜有什么區(qū)別？轉(zhuǎn)錄組，指細胞某一時期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。轉(zhuǎn)錄組學(xué)，是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。對RNA的分析。分析應(yīng)該是分幾個維度的DNA到RNA，RNA的剪切拼接，RNA的翻譯。表達譜有兩種，分別是基因表達譜和蛋白質(zhì)表達譜。基因表達譜是指細胞中所有基因表達的格局。通過比較分析基因表達譜，可從整體水平研究代謝機制，認識基因相互作用的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系，發(fā)現(xiàn)重要基因。杭州全轉(zhuǎn)錄學(xué)組定量分析
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