全長轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測序技術(shù)具有測序讀長的限制，因此在進行測序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉(zhuǎn)錄本，這就會造成一定的錯誤比例，同時在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準確定位融合基因。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測序是基于第三代測序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項目均基于全長轉(zhuǎn)錄組，通常來說很難承擔(dān)，因此，全長轉(zhuǎn)錄組測序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測序相結(jié)合。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更準確的數(shù)字化信號。江蘇RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關(guān)系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關(guān)系?；蚍诸悾赫业郊毎禺悾膊∠嚓P(guān)，處理相關(guān)的基因表達模式，用于診斷疾病和預(yù)測等?；蚓W(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。南京RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于表達差異的研究。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)含義：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是指一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個活細胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過程是基因表達的第一步，也是基因表達調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。所謂基因表達，是指基因攜帶的遺傳信息轉(zhuǎn)變?yōu)榭杀鎰e的表型的整個過程。與基因組不同的是，轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環(huán)境下，其基因表達情況是不完全相同的。通常，同一種組織表達幾乎相同的一套基因以區(qū)別于其他組織，如腦組織或心肌組織等分別只表達全部基因中不同的30%而顯示出組織的特異性。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)：隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學(xué)的研究進入了后基因組時代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因為研究對象的基因組學(xué)(Genomics)、以轉(zhuǎn)錄過程為研究對象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義：1．轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機制.2．通過基于基因表達譜的分子標簽,不只可以辨別細胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3．轉(zhuǎn)錄組的研究應(yīng)用于臨床的另一個例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個亞型,尤其是對原發(fā)性惡性瘤,通過轉(zhuǎn)錄組差異表達譜的建立,可以詳細描繪出患者的生存期以及對藥物的反應(yīng)等。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強大工具。
單細胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟：單細胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細胞。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴增：RNA測序需要0.1-1.0ug total RNA，捕獲效率10%（5-**NA測序需要1ng DNA，極限稀釋加移液分離單細胞；顯微操作分選單細胞；流式分選帶有表面Marker的單細胞；激光切割實體組織；微流控技術(shù)；磁珠捕獲，主要用于CTC。單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質(zhì)性。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。濟南外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
廣義轉(zhuǎn)錄組學(xué)是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子。江蘇RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序流程：1、樣品RNA準備。2、測序文庫構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達基因；3、不同的外界條件處理，如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對基因表達的影響；4、同一個體，不同組織之間的基因表達差異。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。江蘇RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法