蛋白翻譯后修飾位點鑒定:蛋白質翻譯后修飾(Post-Translational Modifications, PTMs)幾乎參與了細胞所有正常生命活動的過程,并發(fā)揮十分重要的調控作用。蛋白質修飾位點能夠影響蛋白的多種屬性,包括蛋白質折疊、活性以及之后的功能,對于蛋白質修飾位點的發(fā)現(xiàn)及研究對闡明蛋白質的功能具有重要作用。技術特點:時間快,周期短;識別位點準確,采用高分辨率質譜技術可以準確定位到發(fā)生修飾的氨基酸位點。適用范圍:已知蛋白序列;明確翻譯后修飾的類型。蛋白質翻譯后修飾的作用主要是改變蛋白質的定位。杭州亞硝基化修飾蛋白質組學鑒定
琥珀?;揎椀鞍踪|組鑒定:蛋白質琥珀?;揎検切陆l(fā)現(xiàn)的一種蛋白質翻譯后修飾,是在琥珀酰輔酶 A 的介導下將一個負電荷四碳琥珀酰基轉移到賴氨酸殘基的伯胺上的過程。賴氨酸琥珀?;谡婧思毎霸思毎衅毡榇嬖冢瑓⑴c調控包括三羧酸循環(huán),氨基酸代謝以及脂肪酸代謝在內(nèi)的多個代謝信號通路。琥珀酰化蛋白質組以組織、細胞等較為復雜樣本為研究對象,目的在于鑒定樣品中發(fā)生琥珀酰化修飾的蛋白質以及相應的琥珀?;揎椢稽c。琥珀?;揎椀鞍踪|組技術特點:采用主流抗體親和富集方法,特異性高,富集效率好。蛋白質丙二?;揎椊M學主要技術蛋白質乙?;彩且环N可逆的酶促反應過程。
蛋白質翻譯后修飾的重要性:翻譯后修飾可以發(fā)生在蛋白質生命周期的任何階段。例如,許多蛋白質在翻譯完成后不久就被修飾,以介導適當?shù)牡鞍踪|折疊或穩(wěn)定,或將新生蛋白質引導到不同的細胞區(qū)室(例如,細胞核、膜)。折疊和定位完成后發(fā)生其他修飾,以刺激或滅活催化活性或以其他方式影響蛋白質的生物活性。蛋白質也與靶向降解蛋白質的標簽共價連接。除了單一的修飾外,蛋白質通常還通過翻譯后切割和通過蛋白質成熟的分步機制增加功能基團的組合進行修飾。分析蛋白質及其翻譯后修飾對于心臟病、神經(jīng)退行性疾病和糖尿病的研究尤為重要。PTMs 的特征,雖然具有挑戰(zhàn)性,但提供了對病因學過程下的細胞功能的無價的洞察。在技術上,研究翻譯后修飾蛋白的主要挑戰(zhàn)是開發(fā)特異性的檢測和純化方法。幸運的是,這些技術障礙正在用各種新的和精煉的蛋白質組學技術來克服。
琥珀酰化修飾蛋白質組技術特點:采用主流抗體親和富集方法,特異性高,富集效率好;通過高分辨率、高掃描速度的質譜,對富集的琥珀?;亩芜M行大規(guī)模鑒定;結合常用的定量技術可對不同樣品間的琥珀?;讲町愡M行定量比較。適用范圍:藥物作用靶點研究;疾病標志物篩選;植物脅迫/抗逆研究;作用機制研究;要求物種具有蛋白質參考數(shù)據(jù)庫、EST序列(轉錄組)或基因組注釋信息。應用方向:線粒體代謝、生物合成與代謝、中心代謝途徑、炎癥與疾病。蛋白質的翻譯后修飾通過可逆的共價鍵將小分子或蛋白質與底物蛋白質上特定的氨基酸結合。
蛋白質糖基化修飾組學技術怎么確定位點?蛋白質經(jīng)過酶解后利用凝集素(lectin)富集N-糖基化肽段,然后用N-糖酰胺酶(PNGase)在H218O中切除連接在天冬酰胺殘基(Asn)上的糖鏈。該處理致使Asn分子量增加2.9890Da。之后用高精度LC-MS質譜儀檢測脫糖后的肽段,并通過MASCOT軟件檢索數(shù)據(jù)庫,確認脫糖后分子量與其理論分子量的變化以及糖基化修飾肽段的序列,從而確定該蛋白質的N-糖基化位點。琥珀?;揎椀鞍踪|組技術特點:采用主流抗體親和富集方法,特異性高,富集效率好。乙?;揎検求w內(nèi)保守的可逆轉的蛋白修飾。貴陽蛋白質磷酸化修飾組學質譜鑒定
在早期的研究中,乙?;揎椧恢北徽J為是真核細胞所特有的一種翻譯后修飾。杭州亞硝基化修飾蛋白質組學鑒定
泛素化修飾蛋白質組學的作用:泛素化、心血管等疾病的發(fā)病密切相關。因此,作為近年來生物化學研究的一個重大成果,它已然成為研究、開發(fā)新藥物的新靶點。技術原理是首先將蛋白樣本酶解成肽段混合物,然后使用液相色譜對酶解后的肽段混合物進行組分分離以降低樣本復雜程度,然后通過高質量的泛素化修飾抗體和生物材料對修飾肽段進行富集,之后上樣至液相色譜-串聯(lián)質譜中進行分析定量。技術優(yōu)勢:高特異性的修飾抗體;高分辨率、高靈敏度質譜儀;鑒定通量高;可與代謝組學等進行多組學聯(lián)合分析。杭州亞硝基化修飾蛋白質組學鑒定