蛋白質組學主要以全蛋白組（組織、細胞）、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象，通過對蛋白組進行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析，揭示生物學功能、作用機制、疾病診斷的標志物以及預測蛋白的上、下游變化關系。蛋白質組學可以克服核酸水平預測的不確定性、反映核酸翻譯后修飾情況。常用技術：非靶向蛋白組學：蛋白質定性（膠條鑒定和溶液鑒定），高通量定量蛋白組（Labelfree、iTRAQ/TMT和DIA定量），多肽組學。蛋白組學樣本寄送前是否需要精確計數或是稱量？貴州PRM靶向定量蛋白質組學分析方法
蛋白組學技術：蛋白質組學研究的首要任務是建立獲取和分析蛋白質的常規(guī)、可靠、有效的技術。為達到這一要求，就需要樣品準備、數據獲取標準化及自動化，也就是要有可重復的高通量的技術。蛋白質組學技術手段在不斷完善，其工作流程，包括蛋白質樣本的制備、分離、定量及鑒定。由雙向凝膠電泳、質譜技術、酵母雙雜交系統(tǒng)、蛋白質微陣列技術、能進行大規(guī)模數據處理的計算機系統(tǒng)和軟件、軟電離技術及生物信息學技術構成了蛋白質組學研究的主要技術體系。其中蛋白質組學技術中的質譜技術是現在比較常用的一種蛋白質鑒定技術。定量蛋白組學研究內容在未來的發(fā)展中，蛋白質組學的研究領域將更加普遍。
蛋白質組學在醫(yī)學的研究應用：蛋白質組學(Proteomics)是研究細胞、組織或生物體中蛋白質組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學，包括對蛋白質表達模式和蛋白質組功能模式的研究。蛋白質組學的發(fā)展對尋找疾病的診斷標志、篩選藥物靶點、毒理學研究等有重要意義，也因此被普遍應用于醫(yī)學研究。蛋白質組學研究，總體可分為一下幾個步驟：（1）差異篩選（Discovery）（2）初步驗證（Verification）（3）然后確診（Validation）。基于質譜的蛋白質組學是目前比較主流的高通量蛋白質研究手段，當前在醫(yī)療健康方面的應用主要集中于基礎研究和轉化醫(yī)學。
LabelFree(非標記蛋白質組學技術)：在非標記策略的定量模型中，主要涉及兩種不同的算法：其一，以肽段的色譜峰積分面積為基礎，通過比較一對生物樣品中相對應到蛋白質酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度；其二，以肽段被質譜檢測的計數為基礎，通過歸一化來表征被檢測蛋白質的相對豐度。非標記技術認為肽段在質譜中被捕獲檢測的頻率（Counts）與其在混合物中的豐度成正相關，因此蛋白質被質譜檢測的計數反映了蛋白質的豐度，通過適當的數學公式可以將質譜檢測計數與蛋白質的量聯系起來，從而對蛋白質進行定量。蛋白質組學的研究是生命科學進入后基因時代的特征。
我們究竟怎么研究蛋白質組學呢？目前高通量檢測蛋白質的方法中，還是首推基于質譜的方法，納流液相可以將復雜樣品中的肽段高效地分離，然后依次進入質譜，對每個被離子化的肽段及其碎裂后碎片的荷質比進行分析，從而得到該肽段的序列信息，然后根據對應的色譜峰面積或者報告離子強度等信息，我們又可以得到該肽段的定量信息。蛋白組學研究怎么做？當下蛋白組學研究中應用比較普遍的技術是同位素標記定量（iTRAQ/TMT技術）。iTRAQ/TMT技術是利用DDA掃描模式，其掃描的方式是將一級質譜信號比較強的Top20的多肽進行二級打碎，然后進入二級質譜進行檢測。其優(yōu)勢是二級譜圖采集的肽段信息都來源于同一條多肽，有利于后續(xù)的定性分析。定量蛋白質組學技術主要分為標記（label）和非標記（label free）定量策略。定量蛋白組學研究內容
通過對正常個體及病理個體間的蛋白質組比較分析，我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質分子”。貴州PRM靶向定量蛋白質組學分析方法
我國科學家已經在重大疾病如肝病、維甲酸誘導白血病細胞凋亡啟動模型及維甲酸定向誘導胚胎干細胞向神經系統(tǒng)分化的模型等比較蛋白質組研究以及一些重要生理和病理體系的蛋白質組成分研究方面獲得了重要成就。蛋白質組學的重要應用領域有：在臨床疾病中的應用、在微生物蛋白質組學中的應用、在植物研究中的應用、在腎臟病學領域的應用。我們通過研究蛋白質組，可以為患者提供有用的疾病診斷、診療、預后評估信息；可以早期更為準確的診斷出胰腺?。灰部梢詾锳D的診斷、診療藥物的設計和篩選奠定基礎。這項研究技術其實離我們生活非常近，對我們生命而言尤為重要。近年來，高通量蛋白質分離與鑒定技術，如雙向電泳、生物質譜、蛋白質芯片、酵母雙雜交系統(tǒng)、生物信息學等相繼建立并日趨完善，加速了蛋白質組學的發(fā)展。貴州PRM靶向定量蛋白質組學分析方法
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