靶向代謝組學:靶向代謝組學(Targeted Metabolomics)是代謝組學研究的重要組成部分,也是全代謝組研究的延伸與拓展。相對于全代謝組分析而言,靶向代謝組分析具有特異性強,檢測靈敏度高和定量準確等幾個特點。通過對血液、尿液或其他體液以及組織中某一特定的代謝物的富集與準確定量定性分析,一方面可以結(jié)合其它實驗數(shù)據(jù)揭示相關(guān)的分子生物學作用機制,另一方面,也可以為后續(xù)代謝分子標志物的深入研究和開發(fā)利用提供有力支持。靶向代謝組學可以用于:驗證有非靶向代謝組學實驗提出的假說;進行基于假說的探索性實驗,針對特定代謝物,研究代謝模型。代謝組學是要涉及研究每一個代謝組分的共性、特性和規(guī)律。湖北LC-MS/MS非靶向脂質(zhì)組學分析
代謝組學樣品收集方法及所需樣本量是什么?(1) 血清樣品: 避免反復凍融。血液收集在離心管中靜置30分鐘進行凝血。8000rpm離心10分鐘,取上清分裝到凍存管中,放置液氮中或-80度凍存;單個樣本要求體積為50μL。(2) 尿液樣品:臨床樣本請全部取清晨第1次尿液。尿液直接分裝到離心管中,8000rpm離心10分鐘,取上清分裝到凍存管中,放置液氮中或-80度凍存,-80度凍存;單個樣本要求體積為100μL。(3) 其他樣本收集辦法請咨詢譜領(lǐng)工作人員。江蘇植物靶向代謝組學分析代謝組學技術(shù)可應(yīng)用于疾病早期診斷。
GC-MS非靶向代謝組學能檢測到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測分析范圍。GC/MS能檢測到有機酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準確度?GC/MS的定性有雙重標準,一是保留指數(shù),二是質(zhì)譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強且穩(wěn)定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進一步碎裂產(chǎn)生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實際指紋圖譜和質(zhì)譜庫(如NIST庫)進行比對后,我們將會得到一個叫相似度的指標。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設(shè)定的閾值,軟件才會給出色譜峰的定性結(jié)果。然后采用標準品質(zhì)譜信息進行完全比對定性,也就是說只有經(jīng)過標準品比對,代謝物才是被100%定性。
代謝組學有哪些應(yīng)用?近年來,代謝組學技術(shù)得到了迅速發(fā)展,主要可應(yīng)用于:功能基因組學、疾病早期診斷、病因病機研究、藥物毒理學、中醫(yī)藥現(xiàn)代化、植物代謝組學、微生物代謝組學、營養(yǎng)學、環(huán)境科學等生命科學的各個領(lǐng)域。為什么要選擇代謝組學?首先需要明確的是代謝組學的目標分析物主要為生物小分子及其代謝產(chǎn)物,如糖、有機酸、脂質(zhì)、維生素、氨基酸、芳香烴之類等化合物。所以,如果關(guān)注的是小分子物質(zhì),那么采用代謝組學的方法,可以對樣品內(nèi)檢測到的小分子物質(zhì)進行定性、定量分析。同于基因組學和蛋白組學,代謝組學的研究反映某一時刻下正在發(fā)生的生命活動情況,研究代謝物的表達量、代謝物與生理病理變化的關(guān)系,能夠幫助尋找新的生物標記物,發(fā)現(xiàn)新的代謝途徑,以及更進一步深入了解目前已知的這些途徑,應(yīng)用于疾病的早期診斷、藥物靶點的發(fā)現(xiàn)、疾病的病理生理研究。代謝組學技術(shù)可應(yīng)用于病因病機研究。
代謝組學比較常用到的數(shù)據(jù)分析方法:代謝組學分析數(shù)據(jù)用于統(tǒng)計分析時,數(shù)據(jù)集通常為一個N × K的矩陣(X矩陣),N表示N個樣本數(shù),每一行表示一個樣品, K表示K個變量,每一列表示一個變量,在代謝組學中變量通常是指代謝物含量。單變量分析方法只分別分析單個變量,不考慮多個變量的相互作用與內(nèi)在聯(lián)系。具有簡單性、易應(yīng)用性和可解釋性。但是無法基于整體數(shù)據(jù)對所測樣品的優(yōu)劣、差異進行綜合評價和分析。差異倍數(shù)變化大小(Fold Change,F(xiàn)C)表示實驗組與對照組的含量比值,可以快速考察各個代謝物在不同組別之間的含量變化大小。代謝組學可以檢測的樣品種類有哪些?廣州常規(guī)靶向代謝組學分析
代謝組學技術(shù)可應(yīng)用于功能基因組學。湖北LC-MS/MS非靶向脂質(zhì)組學分析
GC-MS非靶向代謝組學醫(yī)學分析生物樣本為何要衍生化處理?有哪些衍生化的方法?GC的流動相為氣體(通常為高純氦),這就要求被分析物必須能夠氣化,而生物樣本中很多內(nèi)源性代謝物都含有極性基團,具有沸點高、不易氣化特點。衍生化能夠降低這些代謝物的沸點,增加它們的熱穩(wěn)定性,以便分析能夠順利進行。衍生化方法及試劑種類繁多,根據(jù)不同的分析目標,需選擇合適的衍生化方法。如分析脂肪酸,我們可以采用甲酯化衍生。在GC/MS代謝平臺上,比較常用的衍生化方法是硅烷化衍生,因為它的廣譜高效。在進行硅烷化衍生之前,還需添加甲氧胺吡啶溶液,以封閉羰基(針對α-酮酸和糖類,保護作用),減少衍生化副產(chǎn)物的生成。湖北LC-MS/MS非靶向脂質(zhì)組學分析
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