單細胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學工作流程：單細胞RNA測序等高通量單細胞轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標準化，以實現(xiàn)許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉(zhuǎn)錄不同的細胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細胞轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)的分析通常因精心設計的研究設計而變得復雜，這些設計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設計可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。轉(zhuǎn)錄組學測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。江蘇宏轉(zhuǎn)錄學組質(zhì)譜分析
單細胞轉(zhuǎn)錄組學測試步驟：第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個單細胞，跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的，難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細胞量少，需要特殊處理。因為單細胞里面RNA的量少，所以說整個富集的過程中會出現(xiàn)一部分基因在一個細胞里能檢測到，在另外一個細胞里面檢測不到，而每個細胞里面的檢測存在一個隨機性，同時單細胞測序深度比較低，所以說分析時相比于普通轉(zhuǎn)錄組有一些是需要特別注意，但整體的分析思路是類似的。江蘇宏轉(zhuǎn)錄學組質(zhì)譜分析轉(zhuǎn)錄學組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。
什么叫轉(zhuǎn)錄組學？廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡以及它們與細胞功能的關系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和.研究生物細胞中轉(zhuǎn)錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學就稱為轉(zhuǎn)錄組學(tran—scriptomics)。轉(zhuǎn)錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。
轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學的表達數(shù)據(jù)對生物樣本進行研究，可以從整體上解釋生物學問題，探究生物體生理和疾病機理等。轉(zhuǎn)錄組學應用于胃腸瘤發(fā)生機制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性的特點。
circRNA轉(zhuǎn)錄組學成環(huán)機制：circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機制可歸類為：依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上，通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點連接到上游的3′受體的位點，索尾插接形成環(huán)化，然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補序列，首先在剪切位點上并排形成RNA雙鏈體，再通過可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?；蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競爭進行RNA配對，然后通過可變剪切形成不同類型的circRNA。轉(zhuǎn)錄組學測序必須做生物學重復么？武漢RNA轉(zhuǎn)錄組學主要技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學包括：mRNA、ncRNA、rRNA等。江蘇宏轉(zhuǎn)錄學組質(zhì)譜分析
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)優(yōu)勢：RNA-seq技術(shù)可以檢測到低水平表達、未識別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網(wǎng)絡的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物，檢測到等位基因的具體表達方式，也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中，一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉(zhuǎn)錄序列，而不是有限制數(shù)量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他們可以相互結(jié)合使用，產(chǎn)生更多的生物學上重要的信息。江蘇宏轉(zhuǎn)錄學組質(zhì)譜分析
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