廣州外泌體microRNA轉錄組學應用

來源: 發(fā)布時間:2022-01-28

轉錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內的完整轉錄信息的匯合,表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉錄組測序可以對所有轉錄物進行分類、確定基因的轉錄結構、量化轉錄物的表達水平。蛋白質是生命功能的直接執(zhí)行者,蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。整合轉錄組學和蛋白質組學的表達數據對生物樣本進行研究,可以從整體上解釋生物學問題,探究生物體生理和疾病機理等。轉錄組學應用于胃腸瘤發(fā)生機制研究:利用轉錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA(編碼RNA及非編碼RNA)的變化,有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。轉錄組學能準確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域。廣州外泌體microRNA轉錄組學應用

轉錄組是干什么用的,和表達譜有什么區(qū)別?轉錄組,指細胞某一時期所有基因的轉錄水平。轉錄組學,是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。簡而言之,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。對RNA的分析。分析應該是分幾個維度的DNA到RNA,RNA的剪切拼接,RNA的翻譯。表達譜有兩種,分別是基因表達譜和蛋白質表達譜?;虮磉_譜是指細胞中所有基因表達的格局。通過比較分析基因表達譜,可從整體水平研究代謝機制,認識基因相互作用的網絡關系,發(fā)現重要基因。武漢外泌體microRNA轉錄組學檢測價格轉錄組學無需預先設計特異性探針。

轉錄組學測序流程:1、樣品RNA準備。2、測序文庫構建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數據分析。轉錄組的分析大致有以下幾種情況:1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異;2、不同品系之間存在的差異表達基因;3、不同的外界條件處理,如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫,對基因表達的影響;4、同一個體,不同組織之間的基因表達差異。簡而言之,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。

轉錄組學測序類型:1.根據RNA種類:可以分為mRNA測序,SmallRNA測序,LncRNA測序、CircRNA測序、全轉錄組測序等。2.根據物種特點:比如真核生物或者原核生物,是否有參考基因組,測序平臺的不同,分為真核有參和無參轉錄組測序,原核轉錄組測序,全長轉錄組測序等。3.根據相互關系:分為互作轉錄組,比較轉錄組等等;此外,基因組甲基化會影響到基因的轉錄調控,也屬于轉錄調控測序范疇;還有用于研究轉錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq,研究RNA與蛋白互作關系的RIP-Seq,以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。轉錄組學有高通量、更精確的數字信號。

circRNA轉錄組學:是一類具有閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子,沒有5′帽子結構和3′poly(A)結構,主要位于細胞質或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達更穩(wěn)定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內[1]。大多數circRNA是由外顯子環(huán)化而成,也有部分circRNA是由內含子環(huán)化而成的套索結構。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件(MREs),能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體(RISC)的催化關鍵,然后導致circRNA降解。根據來源,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,內含子和外顯子組合的EIcircRNA,內含子組成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產生的circRNA。轉錄組學可應用于基因點突變及多態(tài)性檢測。北京circ RNA轉錄組學主要技術

轉錄學組測序可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測。廣州外泌體microRNA轉錄組學應用

轉錄組學(Transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內所有轉錄產物的匯合,包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉運RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA);狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組具有很強的時間和空間特性,是基因功能及結構研究的基礎和出發(fā)點,掌握了生物個體基因轉錄水平的變化,可深入了解其生命活動特征和調控機制。通過新一代高通量測序,能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本的基因序列信息。廣州外泌體microRNA轉錄組學應用

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